מאגרי מידע

English

מקורות מידע בתחום מאגרי המידע במדעי החיים

 

מאגרים חדשים להתנסות

 

 

רשימה של מאגרי מידע ואתרים בתחומים השונים של מדעי החיים.

JCR – Journal Citation Reports - מאגר המשמש למציאת ה - Impact Factor עבור כתבי העת השונים.

אחת לשנה מוציא ה- NAR (Nucleic Acids Research) גליון ובו מאמרים ועדכונים על מאגרי המידע בביולוגיה.
לרשימת המאגרים, מחולקת על פי נושאים.

Current Protocols in Human Genetics (מו"ל Wiley) - הוא ספר המופיע ברשת, ואשר אחת לרבעון מוציא פרק העוסק בניתוח מידע בתחום הגנום האנושי. הפרקים עוסקים בשיטות מחשוביות שונות לאנליזות ביולוגיות ובהדרכות על שימוש באתרים (כגון Entrez, Ensembl), לכריית המידע הנדרש לנו.

אתר המחקרים הקליניים  MyTrial - האתר מרכז את כלל המחקרים הקליניים (מחקרים בבני אדם) שנערכים במרכזים הרפואיים השונים בישראל ומנגיש מידע אודות המחקרים.

 

מאגרי מידע שימושיים

NCBIי(National Center for Biotechnology Information) - המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי. מאגר מידע בתחום הביולוגיה והרפואה המכיל מרצפי DNA וחלבון, מפות ורצפים גנומים, שונות גנטית, ועד כתבי עת וספרים בתחום. 

Entrez - מערכת חיפוש משולבת המקשרת בין המאמרים בתחומי הרפואה ומדעי החיים לבין מאגרי המידע המצויים בתחום, על ידי חיפוש טקסטואלי.

הסברים על דרכי החיפוש במערכת ניתן לקרוא בספר ההדרכה "Entrez Help" או במאמר "Searching NCBI Databases Using Entrez" מאת Gibney & Baxevanis,  2011.

Gene Expression Omnibus ב (GEO, NCBI) - מאגר של דגמי התבטאות של גנים. תוצאות של סקרי התבטאות (high troughput gene expression) ו- microarray.

EMBL-EBIי (European Bioinformatics Institute): המקבילה האירופאית ל- NCBI.

MedlinePlus  - אתר של ה NIH עבור חולים ובני משפחותיהם. 

דפדפנים גנומיים:

Genome Data Viewer (GDV)  - להסבר על דרכי השימוש במאגר ראה "Entrez Map Viewer Help Document" .

University of California Santa Cruz Genome Browserא(UCSC) - להסבר על דרכי השימוש בדפדפן ראו "The UCSC Genome Browser" מאת Karolchik et al. 2011 (או דרך Pubmed). לעדכונים שהוספו בנת 2011 ראו מאמר מאת Dreszer et al. 2011א"The UCSC Genome Browser database: extensions and updates 2011".

ENSEMBL - שילוב כוחות בין Sanger Institute ו - EMBL-BI ליצירת דפדפן גנומי של בעלי חיים אאוקריוטים.

:BioMarts

BioMart היא תוכנת קוד פתוח לניהול מאגרי מידע גדולים, המכילים טיפוסי מידע שונים. התוכנה מקשרת בין מאגרי מידע מסוגים שונים ומפשטת מאד את איתור המידע וחיבורו לכדי מכלול שלם.

ENSEMBL - BioMart - חיתוך ואיתור בין מאגרי המידע השונים של ENSEMBL.
לקובץ המסביר ומדגים את השימוש במאגר.

BioMart Central Portal - מאגר המקשר בין עשרות מאגרים שונים ברחבי העולם. להרחבה על המאגר ולדוגמת שימוש ראו Guberman etal, 2011.

ועוד כמה אתרים מעניינים:

The Biomedical & Life Sciences Collection (הרצאות)

Vadlo - האתר מכיל מנגנון חיפוש לפרוטוקולים, מצגות ושאר עניינים בתחום מדעי החיים.

מאגר התרופות  אגף הרוקחות.

Drugs and Lactation Database (LactMed) המאגר כולל נתונים על תופעות לוואי הנגרמות לתינוק בשל תרופות שנוטלת האם המניקה.

GreenFILE - המאגר כולל מידע בתחומי הסביבה והשפעת האדם על האקולוגיה.

אתר צמח השדה הנו מגדיר צמחים - להיכרות ידידותית ועממית עם צמחי הבר של ארץ ישראל.

לחובבי השירה: The Human Genome: Poems on The Book of Life
האתר מכיל, במשולב, שירים מפרי עטה של המשוררת האירית, Gillian K Ferguson, וציטוטים מפי חוקרים, העוסקים במולקולות של החיים.