תכני הקורסים

שלחו לחבר

מתכונת הבסיס של התוכנית מורכבת משישה קורסים, המקיפים את תחומי הגנומיקה והחישוביות הביו-רפואית המודרנית. הקורסים מוכרים כקורסים לתארים מתקדמים מבחינה אקדמית. כאמור, בוגרי התוכנית שימשיכו לתארים מתקדמים (M.Sc./Ph.D.) יצברו חלק ניכר מדרישות הקורסים הפרונטאליים לאתרים אלה, כך שיוכלו להתרכז בעיקר בעבודת המחקר ובפרסום מאמרים.

הקורסים בתקופה א'

קורס 80672 – שיטות מתקדמות לאנליזת הגנום

הקורס מתחיל בריענון נושאים בסיסיים בביולוגיה מולקולארית וממשיך בסקירת הגישות המתקדמות ביותר בחקר מערכתי של התא, כגון ריצוף עמוק, שבבי DNA, בקרת גנים באמצעות RNA לא מקודד ועוד.

- הרצאות: פרופ׳ נינט אמריליו (המרכז הרפואי שיבא), ד"ר ערן אייל (חברת Evogene והמרכז הרפואי שיבא) ופרופ׳ ארז לבנון (אוניברסיטת בר-אילן)

- תרגולים: לא קיימים בקורס זה

- סילבוס: לחץ כאן

קורס 80670 – ביואינפורמטיקה רפואית

ביואינפורמטיקה הוא המדע העוסק בחקר הגנום באמצעות אלגוריתמים חישוביים. בקורס יוצגו השיטות החישוביות, כלי התוכנה ומאגרי המידע העכשוויים בתחום הביואינפורמטיקה. כמו כן, יינתן דגש מיוחד על האפליקציות הקליניות של מדע זה.

- הרצאות: פרופ' רון אונגר (אוניברסיטת בר-אילן) וד"ר ערן אייל (חברת Evogene והמרכז הרפואי שיבא)

- תרגולים: ד״ר חיבה ולדמן בן-אשר, מנהלת היחידה לביואינפורמטיקה (אוניברסיטת בר-אילן)

- סילבוס: לחץ כאן

קורס 80673 – ביוסטטיסטיקה וניסויים קליניים

קורס מתקדם בסטטיסטיקה, הניתן מתוך גישה מעשית ובעזרת ניתוח מחקרים קליניים. דגש מיוחד יינתן לאנליזה המתאימה לשיטות החדשניות בביולוגיה וברפואה, אשר מייצרות כמות עצומה של נתונים ומידע רב- ממדי בעל מורכבות גבוהה.

- הרצאות: ד"ר רחל לוי-דרומר, יועצת סטטיסטית (והמזכיר האקדמי של אוניברסיטת בר-אילן)

- תרגולים: ד״ר ג׳ניפר ישראל כהן, מנהלת היחידה לייעוץ סטטיסטי (אוניברסיטת בר-אילן)

- סילבוס: לחץ כאן

הקורסים בתקופה ב'

קורס 80675 – למידת מכונה וכריית מידע רפואי

כמות הנתונים והמידע הרפואי שנצברו בחמש השנים האחרונות גדולה מזו שנצברה באלף השנים שקדמו להן. לכך אחראיות שלוש מהפכות שהתרחשו לאחרונה: מהפכת הביואינפורמטיקה, מהפכת מחשוב התיקים הרפואיים ומהפכת האינטרנט והמובייל. הקורס מציג שיטות מתחומי למידת המכונה והבינה המלאכותית להפקת תובנות רפואיות חדשות מתוך מידע זה.

- הרצאות: ד"ר רונן טל-בוצר (Evolution - חברה לבינה מלאכותית)

- סילבוס: לחץ כאן

קורס 80674 – ביולוגיה מערכתית רפואית וטכנולוגיית (NGS (Next Generation Sequencing

בשנים האחרונות ישנו מעבר, הן בביולוגיה והן ברפואה, מאנליזה של גנים בודדים לחקר של מערכות ומסלולים ביולוגיים מורכבים. הקורס מקנה את הכלים החישוביים הנדרשים לאנליזות רחבות היקף אלו, תוך שימוש בשפת תכנות המתאימה לשימושים ביואינפורמטיים.

- הרצאות: פרופ׳ ינאי עופרן (אוניברסיטת בר-אילן) ומרצים אורחים

- תרגולים: ספיר פלד (אוניברסיטת בר-אילן)

- סילבוס: לחץ כאן

קורס 80676 – גנומיקה אישית

אנו מתקרבים בצעדי ענק למציאות שבה הגנום של המטופל יהווה שיקול מכריע בבחירת הטיפול עבורו. הקורס יתאר מה ניתן ללמוד היום מתוך מידע גנומי אישי, החל מייעוץ טרום לידתי, דרך התאמה אישית של תרופות ועד לטיפולים אישיים במחלת הסרטן ובמחלות מורכבות נוספות. הקורס יתייחס גם לשאלות אתיות ומשפטיות ולשיקולי פרטיות הנובעים ממידע גנומי.

- הרצאות: פרופ' רון אונגר (אוניברסיטת בר-אילן) ופרופ' גידי רכבי (המרכז הרפואי שיבא)

- תרגולים: ד״ר מורן גל (המרכז הרפואי שיבא)

- סילבוס: לחץ כאן

הקורסים בתקופה ג'- חובה במתכונת מדעי היסוד

קורס 80678 – פרויקט מחקר מדעי

נושאי המחקר לפרויקט ייבחרו מבין שלוש אופציות:

1. ניתוח גנומים אישיים מתוך מאגרי מידע או אף הגנום של הסטודנט עצמו (סטודנטים שירצו לחקור את הגנום של עצמם צריכים לקחת בחשבון שיש עלות לריצוף). הסטודנט יבצע את הפרויקט בעזרת הכלים השונים הנלמדים בתוכנית ובפיקוח מנחה הפרויקט.

2. פרויקט בנושא אחד הקורסים של התוכנית ובשיתוף מעבדות המחקר בבר-אילן. באוניברסיטה קיימות כעשר קבוצות מחקר שעוסקות בתחומי החישוביות הביו-רפואית, ועוד מספר דומה של קבוצות העוסקות בנושאים משיקים.

3. פרויקט בנושא המוצע על ידי הסטודנט עצמו. הניסיון מלמד שתוך כדי עבודתם הקלינית, רופאים זוכאים להיכרות עם בעיות מחקריות וקליניות רלוונטיות, אשר ניתן להתמודד איתן בכלים חישוביים. מחקר כזה יכול להתבצע בהנחייה משותפת של רופא בכיר מבתי החולים וחוקר מסגל התוכנית.

קורס 80677 – סמינריון בגנומיקה ובחישוביות ביו-רפואית

מדי שבוע יתנהלו דיונים ביקורתיים בהנחיית אחדים מהסטודנטים, אודות מאמרים מרכזיים ופורצי דרך שהתפרסמו לאחרונה בכתבי-עת מדעיים מובילים בתחומי הגנומיקה והחישוביות הביו-רפואית.

קורס מתוקשב- מתכנות פייתון בסיסי לאלגוריתמים גנטיים

התוכנית אינה מתעתדת להכשיר את בוגריה כמתכנתים (כאלה יש בשפע). מטרתה היא להכשיר אותם לעשות את החיבור הכה ייחודי בין עולם הרפואה לעולם המחשבים, ולכן הכוונה היא שבוגרי התוכנית יוכלו לתקשר/להשתתף עם מתכנתים בפיתוח פתרונות תוכנה לבעיות רפואיות. יחד עם זאת, במחזורים הקודמים סטודנטים רבים ביקשו בכל-זאת לרכוש כישורי תכנות בסיסי, על מנת שיוכלו להתנסות בעצמם ו״לגעת בידיים״ בתחום מופלא זה. לפיכך, אנחנו נלמד תכנות באוריינטציה מחקרית, תוך התמקדות בצד המעשי הנדרש למחקרים בתחום הגנומיקה והחישוביות הביו-רפואית. הקורס יסתיים בפרויקט תכנות של אחד הכלים היעילים ביותר לכל מחקר- אלגוריתם גנטי.

קורס מתוקשב- למידה עמוקה וחישוב אבולוציוני

קורס זה הינו קורס משלים, בגישה מעשית, לקורס ״למידת מכונה וכריית מידע רפואי״. עולם הבינה המלאכותית עובר מהפיכה של ממש בשנים האחרונות. לצד דהירתן של מכוניות אוטונומיות, פריחתם של העוזרים האישיים, סוכני שירות הלקוחות האוטומטיים וכד׳, גם אפליקציות שונות בתחום הרפואי הופכות תבוניות יותר ויותר, רבות בזכות טכנולוגיית ה-Deep Learning. פריצות הדרך מתרחשות בכל תחום, החל מאבחון מדויק יותר באמצעות ראייה ממוחשבת, דרך הפקת תובנות בעזרת ניתוח טקסטים ממאמרים מדעיים או מאמירות של מטופלים ברשתות חברתיות, וכלה בניבוי מותאם אישית של תגובת גידול סרטני לטיפול זה או אחר. השיעורים יציגו הן את הבסיס האלגוריתמי לטכנולוגיות אלה, הן את הכלים לממש אותן והן את האפליקציות העכשוויות בשוק.