מעבדות המחפשות מסטרנטים לשנה"ל תשפ"ג 2022-23

 

מעבדות המחפשות מסטרנטים לשנה"ל תשפ"ג 2022-23

מתאים לבוגרי ביולוגיה חישובית 

הערות או דרישות מיוחדות 

תחום מחקר

שם החוקר

 

 

נכונות לעבודה עם עכברים 

  1. פיתוח חיסון למחלת האלצהיימר
  2. פיתוח אמצעים לאיבחון מוקדם של מחלות ניוון עצבי
  3. השפעת פעילות גופנית על יצירת תאי מוח חדשים
  4. השפעת פעילות גופנית על למידה וזיכרון

פרופ' אוקון איתן

  ממוצע תואר ראשון מעל 85
  1. ביולוגיה מבנית - קריסטלוגרפיה של מאקרומולקולות
  2. תכנון ויצירת תרופות חדשות
  3. הכוונת אקסונים - מערכת האיתות Slit-Robo
  4. בסיס מולקולרי להתפתחות המוח האנושי
פרופ' אופטובסקי ירדן
כן דרוש רקע חישובי
  1. למידה עמוקה בביולוגיה חישובית
  2. מודלים חישוביים לקשירת חלבון לדנ״א ורנ״א ורגולציית ביטוי גנים
  3. ניבוי מבנים של מולקולות דנ״א ורנ״א
  4. חיזוי השפעות של וריאנטים על פונקציית חלבון על-סמך מידע רב תפוקה
  5. אלגוריתמים לתכנון מחרוזות דנ״א, רנ״א, וחומצות אמינו
  6. מבני נתונים ואלגוריתמים לעיבוד יעיל של מידע מריצוף רב-תפוקה
פרופ' אורנשטיין ירון
כן

עבודה במחקר בשטח או ידע בתכנות, ניתוח נתונים ו/או AI

  1. רשתות חברתיות של חיות בר - איך הן נוצרות?
  2. על מה שפני סלע מדברים? האבולוציה של תקשורת קולית
  3. מודלים חישוביים של רשתות חברתיות
  4. שימוש ברחפנים לתצפית ולניסויים

ד"ר אילני עמיעל

  סטודנטים מצטיינים בעלי עניין במחקר גנטי מולקולרי
  1. ביופילם ציאנובקטריאלי
  2. פרוק מבוקר של אנטנות פיגמנטים
  3. הנדסת ציאנובקטריה לטובת דלק ביולוגי

פרופ' רקפת שוורץ

  סקרנות בריאה
  1. העברה סינפטית.
  2.  מחלת הפרקינסון.
  3. חישוביות עצבית.
  4. למידה וזכרון.
  5. ניורופיזיולוגיה חישובית

פרופ' אלון קורנגרין

   
  1. מעקב אחרי תעתיקי רנ"א בתאים חיים בעזרת מיקרוסקופיה ברזולוציה גבוהה
  2. חקר תהליכי הפעלת גנים ושעתוק בגנים בודדים בתאים חיים ובזמן אמת
  3. חקר חלבונים הפעילים בתהליכי עיבוד רנ"א ומיקומם בגרעין התא
  4. חקר תעתיקים שאינם מקודדים בגרעין התא במצבים נורמליים ופתולוגיים
  5. מעקב אחרי מנגנון יציאת רנ"א דרך שוער הגרעין בסופר-רזולוציה ובהדמייה בתאים חיים
  6. מעקב אחרי מנגנוני איתות המפעילים גנים במצבים רגילים וסרטניים
  7. חקר מבנים הנוצרים בציטופלסמה בעקבות עקה (כמו כמותרפיה) ומשמעותם לחיות התא

 

 

פרופ' שב טל ירון

כן

 

נמרצות ומוטיבציה גבוה

  1. תקשורת חברתית וחישת פרומונים
  2. תפקיד חלבונים קושרי פרומונים בתקשורת חברתית
  3. התנהגויות דימורפיות בין זכרים לנקבות
  4. כיצד ניסיון חברתי מעובד ומקודד במח, ומשפיע על התנהגויות עתידיות
  5. אתרי עריכת ר.נ.א בנוירונים והפונקציה שלהם בהתנהגות מורכבת
  6. הפונקציה של אירועי מתילציה על מולקולות ר.נ.א והשפעתם על התנהגות מורכבת
  7. מערכות תגמול טבעיות כמודל לחקר התמכרות

 

פרופ' שוחט אופיר גלית

כן

 

סקרנות, חריצות והתלהבות ממדע

  1. הבנה מולקולרית כיצד מערכות הפירוק מזהות באופן ספציפי את הסובסטרטים המיועדים לפירוק.
  2. איפיון מנגנוני בקרת איכות שתפקידם לשמור על הומואסטזה של חלבונים תאיים.
  3. חקר המעורבות של מנגנוני פירוק מסוימים בתהליכים תאיים שונים כגון מחזור רצפטורים, תקשורת בין אברונים תאיים, הצגת אנטיגנים למערכת החיסון ועוד.
  4. למידה כיצד שיבוש במנגנוני הפירוק מוביל למחלות כגון סרטן ונוירודגנרציה.

 

ד"ר קורן איתי

כן

 

מחפשת סטודנטים בעלי סקרנות ומוטיבציה גבוהה 

  1. חקר מנגנוני הבקרה של התגובה החיסונית ע"י שימוש בטכנולוגיות הדמיה מולקולרית מתקדמות
  2. פיתוח שיטות אימונותרפיות מותאמות אישית למיגור סרטן
  3.  חקר מחלות כשל חיסוני מולד ופיתוח אסטרטגיות טיפוליות
      4. הגברת תגובתם של תאי הרג טבעיים במצבים פתולוגיים
פרופ' ברדה-סעד מירה
 

 

 

המעבדה עוסקת בהנעת חלבונים בתא

  1. כיצד מנווטים מיליוני החלבונים השונים בתא  ליעד המטרה שלהם
  2. כיצד מזהה התא חלבונים פגומים ואיך הם מוסעים לפירוק?
  3. כיצד ומדוע משתבשים מסלולי ההנעה במחלות שונות
  4. איך אנחנו יכולים לפתור את הכשלים במחלות השונות וכך לפנות את עומסי התא?
ד"ר  דבלה-לויט מורן
כן מוטיבציה ויכולת לעבוד בצוות
  1. אנליזה מולקולרית של בקרת שעתוק גנים החיוניים להתפתחות עוברית
  2.  הבנת החשיבות של הרכב פרומוטורים בשעתוק גנים
  3.  חקר החלבונים המעורבים בגיוס מנגנון השעתוק
  4.  בקרת שעתוק של רשתות גנים בדרוזופילה
  5. תכנון מושכל של פרומוטורים סינתטיים להגברת ביטוי גנים
  6.  שימוש בביואינפורמטיקה להבנת מנגנוני בקרה של ביטוי גנים באורגניזמים שונים
פרופ' תמר יובן גרשון
כן

 

סטודנטים סקרנים נמרצים ומשקיענים שיודעים לעבוד בצוות 

  1. חקר התקשורת בין מערכת החיסון לסביבה במעי
  2. אינטראקציות נוירו-אימונולוגיות עם חיידקי המעיים (מיקרובים)
  3. השפעת חיידקי המעי על מחלות אוטואימוניות וסרטן
  4. אנליזות חישוביות / ביואינפורמטיות של ביטוי גנים במעי
ד"ר יששכר ניסן
כן רקע חישובי
  1. הקשר בין ארגון מערכת הראיה במוח האנושי לתפקודי ראיה גבוהים ונמוכים
  2.  חקירת תפקודי ראיה גבוהים (תפיסה ופעולה ראייתית) בתנאי מעבדה ובעולם הדינמי
  3.  חקר תפיסת פרצופים ותפיסת עצמים וצורה
  4. חקר תפיסת תנועה ראייתית כולל תפיסת תנועה ביולוגית (של אנשים)
  5.  ארגון מערכת הראיה במוח האנושי בעזרת הדמיה מוחית (MRI, fMRI)
  6.  חקירת אנשים עם ראיה תקינה, עם לקויות ראיה מולדות או נרכשות (למשל עקב פגיעות מוחיות)
  7.  חקירת הקשר בין תפקודי ראיה שונים להבנת תלות ואי תלות בין תיפקודי ראיה שונים
ד"ר שרון גלאי דותן
 

 

סקרנות מדעית, חריצות, מוטיבציה גבוהה, עצמאות, משמעת עצמית, יצירתיות

  1. חקר מנגנונים וגנים הקובעים את קצב תהליך ההזדקנות
  2. כיצד ניתן לשמור על קיפול תקין של חלבונים גם בזקנה?
  3.  השפעתם של מסלולים מאריכי חיים על התמודדות עם מצבי עקה ומחלות תלויות גיל, בדגש על מחלות נויקודגנרטיביות.
פרופ' הניס- קורנבליט סיון
כן נדרש רצון עז להצליח, להוביל פרויקט וללמוד דברים חדשים
  1.  פיתוח פלטפורמה מיקרופלואידית לרפואה מותאמת אישית
  2.  מציאת ואפיון אינטרקציות חדשות בין DNA וחלבונים בעזרת מערכת מיקרופלואידית
  3.  עריכת DNA בשיטות מיקרופלואידיות
  4.  סריקת ספריות של חלבונים ממברנליים למציאת אינטרקציות חדשות בין חלבונים.
  5. שימוש בפלטפורמה מיקרופלואידית לחקר מודיפיקציות חלבוניות.
פרופ' דורון גרבר
 

 

מוטיבציה, סקרנות ואנגלית ברמה גבוהה

  1.  עמידות צמחים לעקה חימצונית ועקות סביבתיות (אביוטיות)
  2. תפקיד מולקולות חמצן פעיל בחישה והולכת סיגנל בתגובה לעקות סביבתיות
  3. בקרת ביטוי גנים בתגובה סיסטמית מהירה (טווח של דקות) לשינויי טמפרטורה ולעוצמת אור גבוהה
  4. זיהוי מנגנונים מולקולריים לעמידות של גרגירי אבקה בעקת חום
  5. פיתוח שיטות מבוססות flow cytometry לחקר גרגרי אבקה
ד"ר מילר גד
 

מוטיבציה גבוהה, יכולת לעבוד ולהשתלב בקבוצה, סקרנות

 

  1. איפיון פונקציונלי של תוצרי גנים המקודדים בגנום נגיף סארקומת קאפושי (כדוגמת vBcl-2 )
  2. איפיון מהלך ההדבקה בנגיף סארקומת קאפושי באמצעות נגיפים רקומביננטים המבטאים חלבונים פלורסנטיים
  3. עקה גרעינונית, שינויים בארגון הגרעינון והדבקה בנגיף סארקומת קאפושי
  4. יצירת ויריונים של נגיף סארקומת קאפושי החסרים גנום נגיפי
פרופ' רונית שריד
כן

 

נסיון בשדה: טיולים, טיפול בבעלי חיים, מעבדה בזואולוגיה חובה

  1. בחירת בן/בת זוג ורשתות מיניות בחיות בר חברתיות
  2. טסטוסטרון, שרידות, והצלחה רבייתית בזכרים ונקבות
  3. תחרות זרע והצלחת הזדווגות
  4. הקשר בין טסטוסטרון ומערכת החיסון בזכרים ונקבות
  5. הבדלים בהשפעת טסטוסטרון על לקיחת סיכונים בזכרים ובנקבות
  6. תגובות למידע המקודד בשירת שפני סלע
  7. פילוגנזה בקולות שפניים באפריקה
  8. טסטוסטרון אימהי ויחסי זוויגים
  9. מעבר סטרואידים בין עוברים ברחם
  10. שימוש ברמות גלוקוקורטיקואידים בשיער ובנוצות כביומרקר לסטרס עבר בחיות בר

ד"ר קורן לי

כן  
  1. אפיון מודיפיקציות לאחר תרגום בחלבונים של חיידקי מעיים וחקר ההשפעה שלהן על פעילות החיידק והפזיולוגיה של המאחסן.
  2. חקר החלבונום (  (Proteomeשל חיידקי המעיים בהקשר של תזונה ו/או מחלה של המאחסן.
  3. אפיון וחקר השפעת חיידקי המעיים והתזונה על שינויים בחלבונום של תאי האפיתל של המעי.
ד"ר ליאור לובל
כן סטודנטים חישוביים 
  1. גנומיקה חישובית
  2. עריכת רנ"א ע"י האנזים ADAR
  3. עריכת דנ"א ע"י האנזים APOBEC
  4. מורכבות הטרנסקריפטום
  5. אלמנטים ניידים בגנום
  6. הקשר של עריכת רנ"א למחלות
פרופ' לבנון ארז
  במעבדה יש מקום לסטודנטים חישוביים ונסיונאים "רטובים".
  1. כיצד מקופל הגנום הצמחי במרחב הגרעין וכיצד ארגון זה קשור לבקרת תכנית השעתוק
  2. זיהוי מקטעי בקרה פעילים ורשתות בקרת גנים בגנום הצמחי
  3. בקרה חיובית ושלילית על ביטוי גנים על ידי פקטור שעתוק יחיד
  4. תגובת שעתוק מהירה להשראה הורמונלית בתאים של מערכת החיסון
  5. ארגון הגנום בתלת מימד במהלך התמיינות תאית והתמרה סרטנית
  6. זיהוי פקטורי שעתוק מרכזיים בתהליך התמרה סרטנית בסרטן שד.
ד"ר חכים אופיר
כן  

הקבוצה חוקרת את האקולוגיה והביוגאוכימיה של פיטופלנקטון ימיים.

 המחקר ישלב בין עבודת מעבדה עם תרביות לבין מחקר שדה על אוכלוסיות טבעיות ויכלול שימוש בשיטות מולקולריות, ביוכימיות, פיזיולוגיות וגיאוכימיות.

נושאי מחקר: דינמיקה של פריחת פיטופלנקטון בים, יחסי גומלין בין וירוס למאחסן בדיאטומאות, אקולוגיה של וירוסי Marnaviridae וביוגאוכימיה של תאים מודבקים.

ד"ר חנה קרנצלר
כן ממוצע גבוה מ85
  1.  פיתוח עריכה גנטית ככלי לטיפול במחלות גנטיות של מערכת הדם והחיסון
  2.  פיתוח עריכה גנטית ככלי לאימונותרפיה של מחלת הסרטן
  3.  שיפור הספציפיות, הרעילות והבטיחות של ריפוי גנטי המבוסס על טכנולוגית ה CRISPR-Cas9
  4.  תמרון מסלולי התא לתיקון דנ"א בעקבות עריכה גנטית המבוססת על טכנולוגית ה CRISPR-Cas9
  5.  חקר הקשר שבין מבנים אפיגנטיים למסלולי תיקון הדנ"א בתאי גזע המתופויטים
ד"ר איל הנדל
   
  1. תפקודיו של פקטור השעתוק E2F המבקר קצב שגשוג תאים והתקדמותם לאורך מחזור התא.
  2. הבנת המנגנונים המולקולרים שבעזרתם E2F תורם לתמותת תאים בעקבות טיפולים כמותרפים.
  3. אפיון השפעתו של E2F על מסלולי מעבר סיגנלים בתאים נורמליים ובתאים סרטניים.
  4. זיהוי מנגנונים מולקולרים המקשרים בין E2F ובין הגן מדכא הסרטן p53.
פרופ' דורון גינזברג
כן  מוטיבציה גבוהה ונכונות לעבודה קשה - חובה. ממוצע ציונים 85 לפחות
  1. החלבון MEIG1 - פוריות ומעורבות בשמירה על שלמות הגנום והתפתחות סרטן
  2. הקינז PIM2 כאונקוגן וכטומור סופרסור
  3. פקטור השעתוק ATCE1 - תרומה אבהית להתפתחות העובר
פרופ' רמי דון 
כן רציניים ובעלי רצון, ויכולת התמדה ומחויבות לפרויקט המחקר
  1. תאי גזע סרטניים מגידולי מוח כמודלים ללימוד מנגנוני מחלה ולסריקת תרופות וטיפולים תאיים
  2. תרביות הומניות תלת מימדיות - מודלים של מחלות נדירות במערכת העצבים ומחלות ניוון שרירים
  3. אקסוזומים בתקשורת בין תאית ובהעברת תרופות במחלות עצב, שריר וגידולי מוח
  4. מולקולות רנא שאינן מקודדות בסרטן ומחלות ניווניות
  5. מסלולי PKC ו RASGRP בגידולי מוח ומחלות ניווניות
פרופ' חיה ברודי
 

תשוקה למדע 

סקרנות ויכולת עבודה בצוות 

  • הבנה מולקולרית של המנגנונים  המתרחשים במהלך ההזדקנות. זיהוי המנגנונים המולקולריים המעורבים  במחלות תלויות גיל,  כגון : מחלות מטבוליות ,סרטן, מחלות נוירודגנרטיביות ועוד. 
  • אפיון תפקידו של החלבון SIRT6   בהארכת תוחלת החיים הבריאה  
  • אנליזות ביואינפורמטיות /חישוביות ו big data  מדגימות של בני אדם בגילאים שונים לפענוח מנגנון ההזדקנות 
  • פיתוח תרופות למניעת מחלות תלויות גיל 
  • אפיגנטיקה של ההזדקנות 
פרופ' חיים כהן
   

1) חשיבות מודיפקציות על RNA לפעילות ביולוגית של מולקולות mRNA ו-Small Rna

2) מנגנון שחבור ב-cis ו-trans, שחבור אלטרנטיבי.

3) ניקוי חלקיקי RNP המעורבים בתהליכי שחבור בשיטות ביוכימיות מתוחכמות. 

פרופ' שולה מיכאלי
 

תאריך עדכון אחרון : 04/09/2022