English

ד"ר ישי פינטו

טלפון
972-3-5317317
דוא"ל
yishay.pinto@biu.ac.il
משרד
בנין מדעי החיים ע"ש סוויסה 212, קומה א', חדר 108
תחומי עניין

ביולוגיה חישובית, מיקרוביולוגיה, וירולוגיה

גנומיקה, מטאגנומיקה, מחקר גנומי באמצעות LLM

 

אתר אישי
אתר מעבדת פינטו
תחומי מחקר
מחקר

מעבדתינו מציעה מבט ייחודי על המיקרוביום האנושי דרך חקר "המשולש פאג'-חיידק-אדם", תוך התמקדות באוכלוסיית הבקטריופאג'ים (וירוסים התוקפים חיידקים) שטרם נחקרה דיה. בשל האתגר בגידול פאג'ים אנושיים בתרבית, אנו רותמים את כוחה של המטאגנומיקה והביולוגיה החישובית ככלי מחקר מרכזי. באמצעות אלגוריתמים מתקדמים שפיתחנו, כגון Phanta, ושילוב חדשני של מודלים מבוססי שפה (LLMs), אנו ממפים את הרכב הפאג'ים והפונדקאים החיידקיים שלהם ברמת דיוק גבוהה, ומפענחים את תפקידם הדינמי בתוך מערכות ביולוגיות מורכבות.

המחקר שלנו מתמקד בהבנת ההשפעה של פאג'ים על בריאות וחולי בשלושה מישורים עיקריים. ראשית, אנו בוחנים כיצד הרכב הוירום קשור למחלות אוטואימוניות ומטבוליות, והאם קיימת "ליבת וירום" משותפת בבני אדם. שנית, אנו חוקרים מהם הטריגרים – כגון אנטיביוטיקה ותזונה – הגורמים לפאג'ים רדומים (פרופאג'ים) להתעורר למצב פעיל, וכיצד תהליך זה מעצב מחדש את אוכלוסיית החיידקים במעי. לבסוף, אנו בודקים אינטראקציות ישירות בין פאג'ים למערכת החיסון האנושית ומנגנוני חיקוי מולקולרי, במטרה לפתח בעתיד כלי אבחון וטיפול מבוססי-פאג'ים לרפואה מותאמת אישית.

פרסומים

  1. Pinto Y. Beyond bacteria: Phanta adds flavour to microbiome profiling with a focus on phages. Nature Reviews Immunology. 25, 159, 2025; https://doi.org/10.1038/s41577-025-01138-5

  2. Pinto Y, Bhatt AS. Sequencing-based analysis of microbiomes. Nature Reviews Genetics. 829–845, 2024; https://doi.org/10.1038/s41576-024-00746-6

  3. Frishman S, Nuriel-Ohayon M, Turjeman S, Pinto Y, Yariv O, Tenenbaum-Gavish K, Peled Y, Poran E, Pardo J, Chen R, Muller E, Borenstein E, Hod M, Louzoun Y, Schwartz B, Hadar E, Collado M. C, Koren, O. Positive effects of diet-induced microbiome modification on GDM in mice following human faecal transfer. Gut. 2024; 73:e17 https://doi.org/10.1136/gutjnl-2023-331456

  4. Pinto Y*, Chakraborty M*, Jain N, Bhatt AS. Phage-inclusive profiling of human gut microbiomes with Phanta. Nature Biotechnology. 42, 651–662, 2023; https://doi.org/10.1038/s41587-023-01799-4

  5. Avizemel O, Frishman S, Pinto Y, Michael Y, Turjeman S, Tenenbaum-Gavish K, Yariv O, Peled Y, Poran E, Pardo J, Chen R, Hod M, Schwartz B, Hadar E, Koren O, Agay-Shay K. Residential greenness, gestational diabetes mellitus (GDM) and microbiome diversity during pregnancy. International Journal of Hygiene and Environmental Health. 2023; 251:114191; https://doi.org/10.1016/j.ijheh.2023.114191

  6. Pinto Y*, Frishman S*, Turjeman S, Eshel A, Nuriel-Ohayon M, Shtossel O, Ziv O, Walters W, Parsonnet J, Ley C, Johnson EL, Kumar K, Schweitzer R, Khatib S, Magzal F, Muller E, Tamir S, Tenenbaum-Gavish K, Rautava S, Salminen S, Isolauri E, Yariv O, Peled Y, Poran E, Pardo J, Chen R, Hod M, Borenstein E, Ley RE, Schwartz B, Louzoun Y, Hadar E, Koren O. Gestational diabetes is driven by microbiota-induced inflammation months before diagnosis. Gut. 2023; 72(5):918-92; https://doi.org/10.1136/gutjnl-2022-328406

  7. Babin BM, Keller LJ, Pinto Y, Li VL, Eneim AS, Vance SE, Terrell SM, Bhatt AS, Long JZ, Bogyo M.; Identification of covalent inhibitors that disrupt M. tuberculosis growth by targeting multiple serine hydrolases involved in lipid metabolism. Cell Chemical Biology. 2022; 29(5):897-909; https://doi.org/10.1016/j.chembiol.2021.08.013

  8. Levin D*, Raab N*, Pinto Y*, Rothschild D*, Zanir G, Godneva A, Mellul N, Futorian D, Gal D, Zeevi D, Bachelet I, Segal E. Diversity and functional landscapes in the microbiota of animals in the wild. Science. 2021; 372(6539); https://doi.org/10.1126/science.abb5352

  9. Ben-Haim MS*, Pinto Y*, Moshitch-Moshkovitz S, Hershkovitz V, Kol N, Diamant-Levi T, Schnaider Beeri M, Amariglio N, Cohen HY, G, Rechavi G. N6,2′-O-dimethyladenosine (m6Am) Regulates High Fat Western Diet Induced Obesity. Nature Communications. 2021; 12(1):7185; https://doi.org/10.1038/s41467-021-27421-2

  10. Stehlikova Z, Kostovcik M, Kostovcikova K, Kverka M, Juzlova K, Rob F, Hercogova J, Bohac P, Pinto Y, Uzan A, Koren O, Tlaskalova-Hogenova H, Jiraskova Zakostelska Z; Dysbiosis of skin microbiota in psoriatic patients: co-occurrence of fungal and bacterial communities. Frontiers in Microbiology. 2019;  https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00438

  11. Pinto Y, Levanon EY. Computational approaches for detection and quantification of A-to-I RNA-editing. Methods. 2019; 156:25-31; https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2018.11.011

  12. Pinto Y, Buchumenski I, Levanon EY, Eisenberg E. Human cancer tissues exhibit reduced A-to-I editing of miRNAs coupled with elevated editing of their targets. Nucleic Acids Research. 2018; 46(1):71-82; https://doi.org/10.1093/nar/gkx1176

  13. Pinto Y*, Gabay O*, Arbiza L, Sams AJ, Keinan A, Levanon EY. Clustered mutations in hominid genome evolution are consistent with APOBEC3G enzymatic activity. Genome Research. 2016; 26(5):579-587; https://doi.org/10.1101/gr.199240.115

    • Highlighted in Science (10.1126/science.aaf4097)

    • Picked up by 11 news outlets.

  14. Sapoznik S, Bahar-Shany K, Brand H, Pinto Y, Gabay O, Glick-Saar E, Dor C, Zadok O, Barshack I, Zundelevich A, Gal-Yam EN, Yung Y, Hourvitz A, Korach J, Beiner M, Jacob J, Levanon EY, Barak M, Aviel-Ronen S, Levanon K. Activation-induced cytidine deaminase links ovulation-induced inflammation and serous carcinogenesis. Neoplasia. 2016; 18(2):90-99; https://doi.org/10.1016/j.neo.2015.12.003

  15. Shamay-Ramot A, Khermesh K, Porath HT, Barak M, Pinto Y, Wachtel C, Zilberberg A, Lerer-Goldshtein T, Efroni S, Levanon EY, Appelbaum L. Fmrp interacts with adar and regulates RNA editing, synaptic density and locomotor activity in zebrafish. PLoS Genetics. 2015; 11(12):e1005702; https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1005702

  16. Geula S, Moshitch-Moshkovitz S, Dominissini D, Mansour AA, Kol N, Salmon-Divon M, Hershkovitz V, Peer E, Mor N, Manor YS, Ben-Haim MS, Eyal E, Yunger S, Pinto Y, Jaitin DA, Viukov S, Rais Y, Krupalnik V, Chomsky E, Zerbib M, Maza I, Rechavi Y, Massarwa R, Hanna S, Amit I, Levanon EY, Amariglio N, Stern-Ginossar  N, Novershtern N, Rechavi G, Hanna JH. m6A mRNA methylation facilitates resolution of naïve pluripotency toward differentiation. Science. 2015 ;347:1002-1006; https://doi.org/10.1126/science.1261417

  17. Pinto Y, Cohen HY, Levanon EY. Mammalian conserved ADAR targets comprise only a small fragment of the human editosome. Genome Biology, 2014; 15(1):R5; https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-1-r5

 

Preprints

  1. Zlitni S, Bowden S, Sberro H, Torres MDT, Vaughan JM, Pinto AFM, Pinto Y, Fernandez D, Röst H, Saghatelian A, de la Fuente-Nunez C, Bhatt AS. Dual quorum-sensing control of purine biosynthesis drives pathogenic fitness of Enterococcus faecalis. bioRxiv [Preprint]. 2024 Aug 13:2024.08.13.607696. https://doi.org/10.1101/2024.08.13.607696

  2. Camargo AP, Baltoumas FA, Ndela EO, Fiamenghi MB, Merrill BD, Carter MM, Pinto Y, Chakraborty M, Andreeva A, Ghiotto G, Shaw J, Proal AD, Sonnenburg JL, Bhatt AS, Roux S, Pavlopoulos GA, Nayfach S, Kyrpides NC. A genomic atlas of the human gut virome elucidates genetic factors shaping host interactions. bioRxiv. 2025 https://doi.org/10.1101/2025.11.01.686033

  3. Finkelstein, S., Frishman, S., Turjeman, S., Shtossel, O., Riumin, A., Tikhonov, E., Nuriel-Ohayon M, Pinto Y, Popova P, Tkachuk AS, Vasukova EA, Anopova AD,  Pustozerov EA, T Pervunina T, Grineva EG,  Hod M, Schwartz B,  Hadar E,  Koren O, Louzoun, Y. (2025). Nutrition-dependent development of the Oral Microbiome in Early Pregnancy. bioRxiv, 2025. https://doi.org/10.1101/2025.09.29.679276

 

Google scholar profile: https://scholar.google.com/citations?user=nYRQiRMAAAAJ

תאריך עדכון אחרון : 18/01/2026