מאגרי מידע

מקורות מידע בתחום מאגרי המידע במדעי החיים

אחת לשנה מוציא ה- NAR ץ(Nucleic Acids Research) גליון ובו מאמרים ועדכונים על מאגרי המידע בביולוגיה. לרשימת המאגרים, מחולקת על פי נושאים, לחץ כאן.

Current Protocols in Human Genetics (מו"ל Wiley) - הוא ספר המופיע ברשת, ואשר אחת לרבעון מוציא פרק העוסק בניתוח מידע בתחום הגנום האנושי. הפרקים עוסקים בשיטות מחשוביות שונות לאנליזות ביולוגיות ובהדרכות על שימוש באתרים (כגון Entrez, Ensembl), לכריית המידע הנדרש לנו.

מאגרי מידע שימושיים

NCBIי(National Center for Biotechnology Information) - המרכז הלאומי למידע ביוטכנולוגי. מאגר מידע בתחום הביולוגיה והרפואה המכיל מרצפי DNA וחלבון, מפות ורצפים גנומים, שונות גנטית, ועד כתבי עת וספרים בתחום. 

Entrez - מערכת חיפוש משולבת המקשרת בין המאמרים בתחומי הרפואה ומדעי החיים לבין מאגרי המידע המצויים בתחום, על ידי חיפוש טקסטואלי.
להסברים על דרכי החיפוש במערכת ניתן לקרוא בספר ההדרכה "Entrez Help" או במאמר "Searching NCBI Databases Using Entrez" מאת Gibney & Baxevanis,  2011.

Gene Expression Omnibus ב (GEO, NCBI) - מאגר של דגמי התבטאות של גנים. תוצאות של סקרי התבטאות (high troughput gene expression) ו- microarray.

EMBL-EBIי (European Bioinformatics Institute): המקבילה האירופאית ל- NCBI.

דפדפנים גנומיים:

NCBI Map Viewer - להסבר על דרכי השימוש במאגר ראה "Entrez Map Viewer Help Document" או במאמר " Using the NCBI Map Viewer to Browse Genomic Sequence Data" מאת Wolfsberg, 2011.

University of California Santa Cruz Genome Browserא(UCSC) - להסבר על דרכי השימוש בדפדפן ראו "The UCSC Genome Browser" מאת Karolchik et al. 2011 (או דרך Pubmed). לעדכונים שהוספו בנת 2011 ראו מאמר מאת Dreszer et al. 2011א"The UCSC Genome Browser database: extensions and updates 2011".

ENSEMBL - שילוב כוחות בין Sanger Institute ו - EMBL-BI ליצירת דפדפן גנומי של בעלי חיים אאוקריוטים.

:BioMarts

BioMart היא תוכנת קוד פתוח לניהול מאגרי מידע גדולים, המכילים טיפוסי מידע שונים. התוכנה מקשרת בין מאגרי מידע מסוגים שונים ומפשטת מאד את איתור המידע וחיבורו לכדי מכלול שלם.

ENSEMBL - BioMart - חיתוך ואיתור בין מאגרי המידע השונים של ENSEMBL. לקובץ המסביר ומדגים את השימוש במאגר, לחץ כאן.

BioMart Central Portal - מאגר המקשר בין עשרות מאגרים שונים ברחבי העולם. להרחבה על המאגר ולדוגמת שימוש ראו Guberman etal, 2011.

ועוד כמה אתרים מעניינים:

Vadlo - אתר המכיל מאגר של קריקטורות, מיוחד לעוסקים במחקר בביולוגיה. תהנו! אגב, למי שמתעניין, האתר מכיל גם מנגנון חיפוש לפרוטוקולים, מצגות ושאר עניינים בתחום מדעי החיים.

לחובבי השירה: The Human Genome: Poems on The Book of Life
האתר מכיל, במשולב, שירים מפרי עטה של המשוררת האירית, Gillian K Ferguson, וציטוטים מפי חוקרים, העוסקים במולקולות של החיים.