פרופ' יובן-גרשון תמר

פרופ'
פרופסור חבר
פרופ' תמר יובן-גרשון
דוא"ל: 
טלפון: 
פקס : 
מיקום: 

פרסומים

Publications

1. Sameach, H., Narunsky, A., Azoulay-Ginsburg, S., Gevorkyan-Aiapetov, L., Zehavi, Y., Moskovitz, Y., Juven-Gershon, T., Ben-Tal, N. and Ruthstein, S. (2017) Structural and Dynamics Characterization of the MerR Family Metalloregulator CueR in its Repression and Activation States. Structure. 25, 1-9

2. Chen, D., Orenstein, Y., Golodnitsky, R., Pellach, M., Avrahami, D., Wachtel, C., Ovadia-Shochat, A., Shir-Shapira, H., Kedmi, A., Juven-Gershon, T., Shamir, R., Gerber, D. (2016) SELMAP - SELEX affinity landscape MAPping of transcription factor binding sites using integrated microfluidics. Scientific Reports, 6, 33351

3. Even, D.Y. *, Kedmi, A. *, Basch-Barzilay, S. *, Ideses, D., Tikotzki, R., Shir-Shapira, H., Shefi, O. and Juven-Gershon, T. (2016) Engineered Promoters for Potent Transient Overexpression. PLoS ONE, 11(2): e0148918

*The first three authors contributed equally to this paper

4. Sloutskin, A., Danino, Y.M., Orenstein, Y., Zehavi, Y., Doniger, T., Shamir, R. and Juven-Gershon, T. (2015) ElemeNT: A Computational Tool for Detecting Core Promoter Elements. Transcription, 6(3), 41-50 


5. Shir-Shapira, H.*, Sharabany,J.*, Filderman, M., Ideses, D., Ovadia-Shochat, A., Mannervik, M. and Juven-Gershon, T. (2015) Structure-Function Analysis of the Drosophila melanogaster Caudal provides insights into core promoter-preferential activation. Journal of Biological Chemistry, 290(28), 17293-305


*The first two authors contributed equally to this paper

6. Danino,Y.M, Even, D., Ideses, D.,  and Juven-Gershon,T. (2015) The core promoter: at the heart of gene expression.  BBA Gene Regulatory Mechanisms, 1849(8), 1116-31

7. Zehavi, Y*., Kedmi, A.*, Ideses, D., and Juven-Gershon, T. (2015) TRF2: TRansForming the view of general transcription factors. Transcription, 6:1, 1-6 


*The first two authors contributed equally to this paper

8. Safra, M., Fickentscher, R., Levi-Ferber, M., Danino, Y.M., Haviv-Chesner, A., Hansen, M., Juven-Gershon, T., Weiss, M. and Henis-Korenblit, S. (2014) The FOXO transcription factor DAF-16 bypasses ire-1 requirement to promote endoplasmic reticulum homeostasis. Cell Metabolism, 20, 870-881

9. Kedmi, A.*,  Zehavi, Y*.,  Glick, Y., Orenstein, Y., Ideses, D., Wachtel, C.,  Doniger, T., Waldman Ben-Asher, H., Munster, N., Thompson, J., Anderson, S., Avrahami, D., Yates, JR 3rd, Shamir, R., Gerber, D., and Juven-Gershon, T.   (2014) TRF2 Is a Preferential Core Promoter Regulator. Genes & Development , 28, 2163-2174 


*The first two authors contributed equally to this paper

10. Zehavi, Y., Sloutskin, A., Kuznetsov, O., and Juven-Gershon, T. (2014) The core promoter composition establishes a new dimension in developmental gene networks.  Nucleus, 5:4, 298–303

11. Zehavi, Y., Kuznetsov, O., Ovadia-Shochat, A. and Juven-Gershon, T. (2014) Core promoter functions in the regulation of gene expression of Drosophila Dorsal target genes. Journal of Biological Chemistry, 289, 11993-12004


12. Cianfrocco, M.A., Kassavetis, G.A., Grob, P., Fang, J., Juven-Gershon, T., Kadonaga, J.T. and Nogales, E. (2013) Human TFIID binds to core promoter DNA in a reorganized structural state. Cell, 152, 120-131

13. Juven-Gershon, T. and Kadonaga, J.T. (2010) Regulation of gene expression via the core promoter and the basal transcriptional machinery. Developmental Biology, 339, 225-229

- One of the top-five most cited articles published in the journal Developmental Biology during the period 1/1/2009-31/12/2011

14. Juven-Gershon, T., Hsu, J.-Y. and Kadonaga, J.T. (2008) Caudal, a key developmental regulator, is a DPE-specific transcriptional factor. Genes & Development, 22, 2823-2830

15. Hsu, J.-Y, Juven-Gershon, T., Marr, M.T. 2nd, Wright, K.J., Tjian, R. and Kadonaga, J.T. (2008) TBP, Mot1, and NC2 establish a regulatory circuit that controls DPE-versus TATA-dependent transcription. Genes & Development, 22, 2353-2358

16. Juven-Gershon, T., Hsu, J.-Y. Theisen J.W.M. and Kadonaga, J.T. (2008) The RNA polymerase II core promoter – the gateway to transcription. Current Opinion in Cell Biology, 20, 253-259

17. Juven-Gershon, T., Hsu, J.-Y. and Kadonaga, J.T. (2006) Perspectives on the RNA polymerase II core promoter. Biochemical Society Transactions 34, 1051-1054

18. Juven-Gershon, T., Cheng, S. and Kadonaga, J.T. (2006) Rational design of a super core promoter that enhances gene expression. Nature Methods, 3, 917 - 922

- Potential applications of this study were discussed in: Perkel, J.M. (2007) Studies you can use. The Scientist, 21,63

19. Susini, L.*, Passer, B.J.*, Amzallag-Elbaz, N.*, Juven-Gershon, T.*, Prieur, S., Privat, N., Tuynder, M, Gendron M., Israel, A., Amson, R., Oren, M. and Telerman, A. (2001) Siah1 binds and regulates the function of Numb. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 98, 15067-15072

*The first four authors contributed equally to this paper

20. Unger, T.*, Juven-Gershon, T.*, Moallem, E.*, Berger, M., Vogt-Sionov, R., Lozano, G., Oren, M. and Haupt, Y. (1999) Critical role for Ser20 of human p53 in the negative regulation of p53 by Mdm2. EMBO J., 18, 1805-1814

*The first three authors contributed equally to this paper

21. Elkeles, A., Juven-Gershon, T., Israeli, D., Wilder, S., Zalcenstein, A. and Oren, M. (1999) The c-fos proto-oncogene is a target for transactivation by the p53 tumor suppressor. Molecular and Cellular Biology, 19, 2594-2600

22. Juven-Gershon, T. and Oren, M. (1999) Mdm2: the ups and the downs. Molecular Medicine, 5, 71-83

23. Juven-Gershon, T., Shifman, O., Unger, T., Elkeles, A., Haupt, Y. and Oren, M. (1998) The Mdm2 oncoprotein interacts with the cell fate regulator Numb. Molecular and Cellular Biology, 18, 3974-3982

24. Barak, Y., Gottlieb, E., Juven-Gershon, T. and Oren, M. (1994) Regulation of mdm2 expression by p53: alternative promoters produce transcripts with nonidentical translation potential. Genes & Development, 8, 1739-1749

25. Barak, Y., Lupo, A., Zauberman, A., Juven, T., Aloni-Grinstein, R., Gottlieb, E., Rotter, V. and Oren, M. (1994) Targets for transcriptional activation by wild-type p53: endogenous retroviral LTR, immunoglobulin-like promoter, and an internal promoter of the mdm2 gene. Cold Spring Harb Symp. Quant. Biol., 59, 225-235

26. Soussan, L., Tchernakov, K., Bachar-Lavi, O., Juven, T., Wertman, E. and Michaelson, D.M. (1994) Antibodies to different isoforms of the heavy neurofilament protein (NF- H) in normal aging and Alzheimer's disease. Molecular Neurobiology, 9, 83-91

27. Juven, T., Barak, Y., Zauberman, A., George, D.L. and Oren, M. (1993) Wild type p53 can mediate sequence-specific transactivation of an internal promoter within the mdm2 gene. Oncogene, 8, 3411-3416

28. Barak, Y., Juven, T., Haffner, R. and Oren, M. (1993) mdm2 expression is induced by wild type p53 activity. EMBO J., 12, 461-468

Patents

1. Optimized core promoters and uses thereof. Kadonaga and Gershon. Patent no. US 7,968,698 B2: 2006.

 

מחקר

מחקר מולקולרי של שעתוק ובקרה של גנים החיוניים להתפתחות עוברית

במעבדתנו אנו חוקרים את הבסיס המולקולרי של התהליך המרתק בו איברי הגוף השונים נוצרים במהלך ההתפתחות העוברית. תהליך מורכב זה נשלט ע"י בקרה מדויקת של ביטוי הגנים.

בקרת ביטוי גנים הינה הכרחית להתפתחות תקינה ולגדילה של האורגניזם.  הפעילות התקינה של גנים אלה הינה קריטית גם בבני אדם בוגרים. כאשר הבקרה משתבשת, התוצאה עלולה להיות התפתחות סרטן, כדוגמת לאוקמיה.

מוטיבים קצרים של רצפי דנ"א הם האחראים להתפתחות תקינה. אנו חוקרים רצפי דנ"א אלו וכיצד הם מבקרים גנים שונים. אנליזה זו חשובה להבנת הבקרה של התפתחות עוברית ושל מערכות מורכבות.

אנו מתמקדים בפרומוטר הליבה (core promoter), המוגדר כאזור הדנ"א המכוון באופן מדויק את תחילת השעתוק. אנו יודעים כיום שיש שונות גדולה במבנה ובתפקוד פרומוטרים. זיהינו תפקידים ביולוגיים של מוטיבים ספציפיים בפרומוטר הליבה. כמו כן, זיהינו פקטורים היודעים לגרום לאקטיבציה ספציפית של גנים המכילים מוטיבים אלו.

מטרת המחקר במעבדה היא הבנת הבקרה המורכבת של ביטוי גנים באאוקריוטיים. אנו מתמקדים בתרומה הייחודית של פרומוטר הליבה לבקרת שעתוק של רשתות גנים.

במחקר אנו משתמשים בזבוב הפירות (Drosophila melanogaster) כמודל. זבוב הפירות משמש מזה שנים רבות כמודל מצוין למחקר גנטי והתפתחות. ברמה המולקולרית  יש דמיון מרשים בין בני אדם לזבובים. באופן מעשי, מחקר העוסק בהתפתחות עוברית בזבובים יכול ללמד אותנו רבות על הבקרה בבני אדם.

במעבדתנו אנו משלבים שיטות של ביולוגיה מולקולרית, ביוכימיה, ביולוגיה של התא, ביואינפורמטיקה וביולוגיה התפתחותית.